聚丙烯酰胺的使用效果不只取决于其价格的高低，质量的好坏，还和使用方法及合理选型有很大关系。聚丙烯酰胺溶解时不能用铁制容器，干粉聚丙烯酰胺一般可长期保存，性能稳定，溶解于水。
溶解后的聚丙烯酰胺药剂性能会随着时间的增加而下降，且浓度越低，性能下降越快。例如0.1%的阳离子型聚丙烯酰胺极不稳定，1-2天后，性能就开始下降，所以聚丙烯酰胺溶液要现配现用。阳离子聚丙烯酰胺适用于酸性介质，阴离子聚丙烯酰胺适用于偏碱性的介质，而非离子型聚丙烯酰胺则适用于酸性或弱碱性介质；有条件的地方，在使用前将聚丙烯酰胺溶液稀释到0.01%-0.05%，这样有利于分子链的进一步伸展，从而提高使用效果，节省用量，节约成本。