正因为聚丙烯酰胺凝胶有突出的优点，所以四十年来获得广泛的应用，目前尚无更加好的支持物质能代替它。其关键的优势有：
①能够随意把持胶粘稠度"T"和交联度"C"，因而拥有不相同的的有成效孔径，用做分开不同分子量的生物大分子。
②能把分子筛作用和电荷效应结合在相同技术中，达到更高的灵敏度：10-9 ～10-12 mol/L。
③正因为聚丙烯酰胺成胶是由-C-C-键结合的酰胺多聚物，侧链只能不活泼的酰胺基-CO-NH2 ，没有带电的其他离子极性，化工惰性好，电泳时不易产生"电渗"。
④因为可以生产制得高含量的单体生产用原材料，因此电泳分开的重复性能好。
⑤透明度好，便于照相和复印。机械强度好，有弹性，不易碎，方便控制和保管。
⑥无紫外吸收，不染色就可以用做紫外波长的凝胶扫描作定量分析。
⑦还可以用作固定化酶的惰性载体。